秋耕とは、稲刈りの後、秋に水田の耕運を行うことをいいます。有機物を分解し、土へ変えていくことで、堆肥の施用と同様の効果を生み、水田の地力を回復します。また、翌年の代かきの際、ワラが浮くことを防止することができます。 トラクターの走行速度は遅めにし、ロータリーの回転数は高速、深さは15cm以上に耕しましょう。

　多年生雑草の中でも特に防除が難しい「クログワイ」や「オモダカ」の主な繁殖器官は、地下にある茎の一部が養分を蓄え肥大した「塊茎」です。秋耕により、地中の塊茎を土壌表面に露出し、冬の低温や乾燥にあてることで、防除を行うことができます。 また、地中に潜って越冬する「スクミリンゴガイ（ジャンボタニシ）」を潰したり、凍死させたりすることができます。

　地中にすき込まれた有機物が腐熟すると、二酸化炭素の約25倍の温室効果を持つ「メタンガス」が発生します。秋耕を行うことで、春まで耕運を行わない場合と比較して、メタンガスを約1割削減する事ができ、環境負荷の低減に寄与することができます。
　また、耕運の時期が遅くなり、田植えの時期にメタンガスが発生すると、植えたばかりの苗の生育に悪影響を及ぼす事があるため、稲の生育の観点からも秋耕をおすすめします。